《西北大学学报（自然科学版）》被以下数据库收录：

中国科学引文数据库（CSCD）核心库

科技期刊世界影响力指数报告（WJCI）期刊（Q2 区）

北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊

中国科技核心期刊（CSTPCD）

中国知网（Q1 区）

万方数据

维普数据

CA 化学文摘(美)

JST 日本科学技术振兴机构数据库(日)